سیدمحمد خاتمی رئیسجمهور وقت اولین کسی بود که آیتالله مصباح را متهم کرد که کوشیده است تا خشونت را تئوریزه کند.
حضرت آیتالله خامنهای در پیامی به مناسبت ارتحال علامه مصباح یزدی تصریح فرمودند: خدمات ایشان در تولید اندیشه دینی و نگارش کتب راهگشا، و در تربیت شاگردان ممتاز اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه میدانهایی که احساس نیاز به حضور ایشان میشد، حقاً و انصافاً کمنظیر است.