سید محمد امامی متهم اختلاس در پرونده تخلفات بانک سرمایه در سال های اخیر است. در کیفرخواست سید محمد امامی آمده که او با همکاری امیر رضا فرزان راد، در مدیران صندوق ذخیره فرهنگیان نفوذ کرده و نقشه های مجرمانه خود را پیاده سازی می کرد و رشوه های کلان به مدیران شعب بانک سرمایه می داد و بیش از ۱۰۰۰ میلیارد تومان تسهیلات با ضمانت های بانکی از طریق غیرقانونی بدست می آورد.