در روزهایی که بایدها و نبایدهای جنگ و مذاکره در بحران ایران و آمریکا دغدغه اصلی است، رئیس دولت اصلاحات اعلام کرده که مطلوب‌ترین شیوه حکومت مردمی، سیستم فدرالی بوده که قانون اساسی ایران فاقد ظرفیت اجرایی آن است.

شیوه فدرالی به معنای تغییرات ساختاری است که نتایج آن می‌تواند با مدنظر قرار دادن واگرایی‌ها، شرایط بین‌المللی و منطقه‌ای، برای ایران خطراتی در پی داشته باشد که هزینه آن تجزیه کشور باشد. ظهور اولین جمهوری کرد در مهاباد و دولت پیشه‌وری در آذربایجان در این ارتباط باید محل عبرت باشد. افراد سیاسی می‌توانند عبرت نگرفته و در نهایت قربانی شوند، اما نباید آنان کشور را محل عبرت کنند، زیرا این عبرت قابل جبران نخواهد بود. ایران اگرچه پاکستان نیست اما سوئیس هم نیست که برایش نظام فدرالی تجویز شود. ایران کشور اقوام و مذاهب است. وجود تفاوت‌های قومی و مذهبی در آن یک واقعیت است. باید تلاش شود این اختلافات منجر به شکاف‌های قومی یا مذهبی نشود.

طرح بدون محاسبه سیستم فدرالی در کشوری که هنوز از تعلقات قومی و مذهبی به‌طور کامل عبور نکرده است، می‌تواند بسیار خطرناک باشد. نباید پیشنهادی را مطرح کرد که سبب بازی با احساسات عامیانه درگیر در تعلقات قومی و مذهبی شود.

ویژگی خاص روح ایرانی به کثرت در وحدت و وحدت در کثرت معنا بخشیده و سبب شده است در خاورمیانه ایرانیان در قیاس با همسایگان خویش، کمترین معضل قومی و مذهبی را داشته باشند.

آگاه باشیم عرصه سیاست و مشکلات کشورداری از جنس عرصه‌های روشنفکری نیست و محاسبات صحنه سیاست باید بسیار دقیق باشد. اهمیت و ارزیابی هر سخن و یا پیشنهادی در وضعیت‌های بحرانی با توجه به تبعات داخلی و خارجی آن مضاعف می‌شود. در شرایط بحرانی خاورمیانه اگر امنیت و وحدت ملی ایران و ایرانیان عامل حسد کشورهای پیرامونی نباشد، مسلما عامل غبطه است. در روزهایی که بیش از همه زمان‌ها باید از وحدت حمایت کرده و برای تقویت انسجام ملی تلاش کرد، طرح پیشنهاد سیستم فدرالی به عنوان یک سیستم مطلوب از سوی خاتمی یک شوک سیاسی است. پیش از این سیدجواد طباطبایی از افراد نزدیک به اصلاح‌طلبان نیز به اظهارات توأم با بی‌سوادی خاتمی اعتراض کرده بود.